八株猪流行性腹泻病毒基因组的测定与分析开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

1.本课题的意义：猪流行性腹泻（porcine epidemic diarrhea ，ped）是以水样腹泻、脱水和呕吐为临床症状的一种高接触急性肠道传染病，主要危害哺乳仔猪。

ped于1971年首次在英国报道[1]，之后欧洲许多国家先后报道了本病的爆发流行。

1977年证实流行于比利时、英国及欧洲所发生的传染病是ped,是由猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus ，pedv）引起的[2]。

2. 研究的基本内容和问题

参考文献根据pedv 4个高变区分别设计引物。

对实验室的临床病料做pedv、tgev和rv检测。

pedv检测呈阳性样品扩增pedv v1区、v4区、s和orf3基因并测序，与参考毒株做序列比对并作遗传进化分析，对有缺失、插入、或改变序列的毒株进行全基因组序列扩增并测序，比较分析高变区及全基因组序列，分析遗传变异情况，为pedv进化机制及强弱毒株的鉴定提供线索，为诊断方法的建立和疫苗的研发提供理论基础。

3. 研究的方法与方案

参考文献根据4个高变区分别设计引物。

对实验室的临床病料做pedv检测，阳性病料扩增pedv v1区、v4区、s和orf3基因，琼脂糖凝胶电泳，将目的条带亮的胶块切下送去测序公司测序，目的条带较暗的胶块做凝胶回收，把目的片段与t载体相连，然后转入dh5α，大量培养后提质粒，进行测序。

利用相关软件分析比对测序所得序列，并对有缺失、插入或改变序列的毒株进行全基因组测序。

4. 研究创新点

了解PEDV的流行状况、变异情况、致病机理及当前疫苗不能提供有效抗体保护的原因，为诊断方法的建立、疫苗的研发及进一步完善每年的预防免疫程序提供理论基础，为强弱毒株的鉴定提供依据，控制PEDV的蔓延。

5. 研究计划与进展

五、研究计划及预期进展（1）2017年09月～2017年10月：收集实验材料，查阅文献，为试验做准备；（2）2017年11月～2018年04月：临床样品检测、扩增并测序；（3）2018年04月～2018年05月：整理试验数据，发表文章，撰写论文。