疫霉菌bHLH家族转录因子的生物信息学分析开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

bhlh（basic/helix-loop-helix，碱性螺旋-环-螺旋）家族转录因子在动物、植物、酵母等真核生物中普遍存在(刘晓月.,2006)(王勇.,2008)。bhlh蛋白形成同源或异源二聚体并通过、bhlh结构域与目标dna结合。该转录因子参与了植物的生长发育，包括毛状体的发生、光形态建成和光信号转导,并且在植物响应逆境胁迫和次生代谢方面也具有重要作用(张全琪.,2011)

大豆疫霉 (phytophthora sojae)是一种重要的植物病原菌，所引起的大豆根腐病，每年给世界各大豆主产区造成高达数百亿美元的经济损失(prasanna kankanala,et al,.,2007: gloria mosquera et al.,2009)。疫霉菌隶属于茸鞭生物界卵菌门，在进化上与真菌相差很远，这种差异也使疫霉菌拥有一套与其它真菌不同的致病机制，多数杀菌剂对植物疫病的防控没有效果 (张萌.,2012.) 。本研究拟利用生物信息学技术，鉴定大豆疫霉中的bhlh转录因子基因，并对候选基因的转录模式进行分析，为筛选调控大豆疫霉发育或致病过程的候选基因提供线索。

主要参考文献：

2. 研究的基本内容和问题

研究的目标：

鉴定筛选调控大豆疫霉发育或致病过程的bhlh转录因子基因。

研究内容：

3. 研究的方法与方案

研究方法：

1. 通过blast、hmmer搜索不同疫霉菌基因组中可能编码bhlh的基因；

2. 通过smart\pfam\ncbi-cdd检查上述基因编码的蛋白是否含有bhlh功能域；

4. 研究创新点

本研究有如下特色和创新之处：本研究主要基于生物信息学技术与计算机软件，该方法简便、易操作，可以加速bHLH转录因子研究的进程，结合大规模的转录组数据使得对转录因子的研究更加切实可靠。

5. 研究计划与进展

研究计划及预期进展

1. 2015年06月熟悉实验室环境，掌握基本实验操作，鉴定可能编码的bhlh转录因子；

2. 2015年9月上旬检查基因功能域，确定候选基因；